- Recherche des trophozoïtes et des kystes sur grattage cornéen péri-lésionnel, sur les lentilles de contact ou le culot de centrifugation de leur liquide de conservation. Examen à l’état frais ou après coloration au May Grünwald Giemsa ou l’acridine orange.
- Mise en culture des prélèvements sur milieu gélosé enrichi éventuellement en bactéries (classiquement E. coli). Observation tout d’abord des trophozoïtes puis des kystes.