Recherche des spores de microsporidies sur frottis de selles après coloration au Trichrome (technique de Weber modifiée) ou par un fluorochrome (Uvitex 2B). Cette dernière technique est sensible mais peu spécifique (basée sur la fluorescence de la chitine de la paroi).
Recherche des spores également dans le liquide de tubage duodénal, les urines, le liquide de lavage broncho-alvéolaire, les prélèvements cornéens.
Seule la microscopie électronique à transmission permet d’identifier l’espèce.
